KA Bengawan hanya berhenti di Cikarang, Haurgeulis, Jatibarang, Cirebon Prujakan dan Bumiayu
KA Fajar Utama Yogyakarta hanya berhenti di Cikampek (arah Yogyakarta), Haurgeulis, Terisi (arah Yogyakarta), Jatibarang (arah Jakarta), Ciledug (arah Yogyakarta), Ketanggungan, Gombong dan Kebumen
KA Senja Utama Yogyakarta hanya berhenti di Jatibarang untuk mengarah Yogyakarta
KA Sawunggalih Pagi dan Kutojaya Utara mengarah Jakarta hanya berhenti di Kutowinangun
KA Sawunggalih Pagi hanya berhenti di Cikarang (arah Kutoarjo), Haurgeulis, Terisi, Jatibarang dan Ciledug
KA Sawunggalih Malam mengarah Kutoarjo hanya berhenti di Cikarang dan Kutowinangun
KA Gajahwong mengarah Jakarta hanya berhenti di Prupuk
KA Bogowonto hanya berhenti di Cikarang dan Jatibarang
KA Progo mengarah Jakarta hanya berhenti di Karanganyar, Prupuk, Ketanggungan dan Haurgeulis
Semua layanan kereta api mengarah Pasar Senen berhenti di Jatinegara
Kereta api ini pertama kali beroperasi sekitar tahun 1970-an sebagai salah satu layanan kereta api Senja.[butuh rujukan] Setelah dilakukan penataan ulang, kereta api ini mengalami perubahan nama menjadi Senja Ekonomi Yogya pada 1980-an dengan rute Yogyakarta–Gambir. Rute kereta api ini kemudian diubah menjadi Lempuyangan–Pasar Senen.[per kapan?]
Seiring dengan penggantian rangkaian kereta secara keseluruhan, kereta api ini kembali mengalami perubahan nama menjadi Empu Jaya, merupakan singkatan dari "Lempuyangan–Jakarta".[per kapan?] Pada 4 Juni 2002, nama kembali diubah menjadi Progo seiring dengan banyaknya kasus kecelakaan pada kereta api Empu Jaya.[2]
Dahulu kereta api ini pernah mendapat subsidi public service obligation (PSO) dari pemerintah hingga April 2016. Sejak subsidi tarifnya dicabut, kereta api ini pernah beberapa kali ditambahkan kelas eksekutif untuk menambah kapasitas penumpang meskipun terbilang jarang.
Sejak berlaku grafik perjalanan kereta api (Gapeka 2021), mulai 10 Februari 2021, kereta api Progo sempat dipindahkan operasionalnya dari Daerah Operasi VI Yogyakarta menjadi Daerah Operasi I Jakarta, serta rangkaian keretanya dimutasi ke Depo Kereta Jakarta Kota (JAKK). Namun, per 1 Juni 2023, dimulai dengan pemberlakuan grafik perjalanan kereta api (Gapeka 2023), operasional kereta api ini dikembalikan ke Daerah Operasi VI Yogyakarta dan rangkaian keretanya kembali dimutasi ke Depo Induk Yogyakarta.[1]
Mulai 15 Oktober 2024, kereta api ini resmi menggunakan kereta ekonomi generasi terbaru berbahan baja nirkarat buatan PT INKA Madiun.[3] Rangkaian kereta api ini terdiri dari delapan kereta kelas ekonomi, satu kereta makan kelas eksekutif, dan satu kereta pembangkit.
Insiden
Pada 25 Desember2001 bertepatan Hari Natal, sekitar pukul 04.33 WIB, Kereta api Empu Jaya dengan nomor perjalanan 146 menabrak Kereta api Gaya Baru Malam Selatan dengan nomor perjalanan 153 yang sedang menunggu bersilangan di jalur 3 emplasemen Stasiun Ketanggungan Barat, Brebes. Tabrakan tersebut terjadi dikarenakan KA 146 melanggar sinyal masuk stasiun Ketanggungan Barat yang beraspek merah (tanda bahwa kereta harus berhenti). Peristiwa ini mengakibatkan 31 orang tewas dan 53 lainnya luka berat termasuk masinis dari KA 146.[4]
Pada 3 Juli 2009, kereta api Progo menabrak mobil di perlintasan tanpa pintu di Gambarsari, Kebasen, Banyumas saat mobil sedang mogok. Ketiga orang berhasil menyelamatkan diri.[5]
Terjadi pembakaran jalan rel oleh dua orang pelajar di km 302+01 pada 9 April 2015. Dua remaja tersebut ditangkap petugas PT KAI di sekitar Stasiun Linggapura. Kejadian tersebut dilaporkan oleh seorang masinis dan asisten saat berdinas kereta api Progo.[6]
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh