Lopa, mantan DubesRI untuk Saudi, dirawat di ruang khusus rumah sakit swasta di Riyadh itu sejak tanggal 30 Juni. Menurut Atase Penerangan Kedubes Indonesia untuk Arab Saudi, Joko Santoso, Lopa terlalu lelah, karena sejak tiba di Riyadh tidak cukup istirahat. Lopa tiba di Riyadh, 26 Juni untuk serah terima jabatan dengan Wakil Kepala Perwakilan RI Kemas Fachruddin SH, 27 Juni. Kemas menjabat Kuasa Usaha Sementara Kedubes RI untuk Saudi yang berkedudukan di Riyadh. Lopa sempat menyampaikan sambutan perpisahan.
Tanggal 28 Juni, Lopa dan istri serta sejumlah pejabat Kedubes melaksanakan ibadah umrah dari Riyadh ke Mekkah lewat jalan darat selama delapan jam. Lopa dan rombongan melaksanakan ibadah umrah malam hari, setelah shalat Isya. Tanggal 29 Juni melaksanakan shalat subuh di Masjidil Haram. Malamnya, Lopa dan rombongan kembali ke Riyadh, juga jalan darat. Ternyata ketahanan tubuh Lopa terganggu setelah melaksanakan kegiatan fisik tanpa henti tersebut. Tanggal 30 Juni pagi, Lopa mual-mual, siang harinya (pukul 13.00 waktu setempat) dilarikan ke RS Al-Hamadi.
PresidenKH Abdurahman Wahid, sebelum mengangkat Jaksa Agung definitif, menunjuk Soeparman sebagai pelaksana tugas-tugas Lopa ketika sedang menjalani perawatan. Penunjukan Soeparman didasarkan atas rekomendasi yang disampaikan Lopa kepada Presiden. Padahal Lopa sedang giat-giatnya mengusut berbagai kasus korupsi.
Ia meninggal dunia pada tanggal 3 Juli 2001 di rumah sakit Al-Hamadi Riyadh, pukul 18.14 waktu setempat atau pukul 22.14 WIB di Arab Saudi akibat gangguan pada jantungnya. Pada tanggal 5 Juli 2001 pukul 14.25 Pesawat Garuda Indonesia dari Riyadh membawa jenazah Lopa pulang ke tanah air. Kesokaan harinya Jenazah Baharuddin Lopa dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata dengan Upacara Militer yang dipimpin oleh Menkopolhukam Agum Gumelar.
Selain sebagai penegak hukum, Lopa juga dikenal pribadi yang baik dan pemurah, ia juga aktif dalam kegiatan amal dan sosial. Pada tahun 1990 hingga akhir hayatnya, Lopa kerap menyumbangkan uangnya untuk membantu fakir-miskin hingga anak yatim. Diketahui, hampir setiap akhir pekan Lopa menyempatkan mengunjungi beberapa panti yatim/piatu atau panti sosial, salah satunya didaerah Jonggol dan kerap mengajak keluarganya, hingga ia mengajak cucunya.
