Tema peamised uurimisvaldkonnad on riikluse ajalugu, institutsioonide ja õiguse ajalugu, kirikuajalugu, ajalookirjutuse ajalugu, eesti ja baltisaksa mõttelugu.
Olulisemad kirjatööd
Muinasaja loojangust omariikluse läveni. Pühendusteos Sulev Vahtre 75. sünnipäevaks. Koostanud Andres Andresen. Tartu 2001
Luterlik territoriaalkirik Eestimaal 1710–1832. Riigivõimu mõju kirikuvalitsemisele, -institutsioonidele ja -õigusele. Tartu 2004
Ecclesiastical Administration of Justice in the Baltic Region of the Russian Empire during the Early State Modernization: The Case of the Province Estland. — Justiz und Justizverfassung. Siebter Rechtshistorikertag im Ostseeraum, Schleswig-Holstein, 3.–5. Mai 2012. Peter Lang Verlag 2013. Pp. 1–21
"Kõige selgem õiguslik järjepidevus valitses Eestimaa kubermangus." Ühe baltisaksa ajalookirjutuse paradigma kriitika. — Ajalooline Ajakiri 2013, 1 (143). Lk 29–54. [1]
Der Systemwechsel in der Kirchenleitung Estlands nach 1710 und seine Bedeutung für ein Paradigma der deutschbaltischen Geschichtsschreibung. — Die baltischen Kapitulationen von 1710. Kontext - Wirkungen - Interpretationen. Quellen und Studien zur baltischen Geschichte 23. Köln, Weimar, Wien 2014. Lk 87–117 [2]
Villem Reimani ajalookirjutuse tähendus. — Villem Reiman. Eesti ajalugu. Eesti mõttelugu 117. Tartu 2014. Lk 155–166
Kas vajame rahvuslikku ajalooteadust?: Villem Reimani kultuurilooline sõnum. — Akadeemia 2016, 5. Lk 755–763. [3]
Hernhuutlik usuliikumine – kas vennastekogudus või vennastekogu(d)? — Keel ja Kirjandus 2018, 3. Lk 217–228. [4]
Nigol Andresen. Eluteater. Eesti mõttelugu 143. Koostaja ja saatesõna autor Andres Andresen. Tartu 2018
Õigusliku järjepidevuse küsimusest Eestimaal asehalduskorra ajal kapitulatsioonide ja Uusikaupunki rahulepingu taustal. — Uutmoodi ja paremini! Ühiskondlikest muutustest 18. sajandil ja 19. sajandi algul. Rahvusarhiivi Toimetised = Acta et Commentationes Archivi Nationalis Estoniae, 2 (33). 2018. Lk 89−105 [5]
Rudolf Kallas. Tunnistus Õnnistegijast. Eesti mõttelugu 165. Koostaja ja saatesõna autor Andres Andresen. Tartu 2022
Rudolf Kallas. Armulaud. Eesti mõttelugu 166. Koostaja ja saatesõna autor Andres Andresen. Tartu 2022
Schirreni-Wittrami ajaloomüüt ja õigusliku järjepidevuse katkestus Eestimaal. — Muutused, ümberkorraldused, uuendused. Varauusaja arengujooned Eesti- ja Liivimaal 1520–1800. Koostanud Marten Seppel ja Madis Maasing. Tallinn 2023. Lk 164–186. Artikli tekst on allalaetav TLÜ kirjastuse kodulehelt: [6]