Comandou o Atlético Goianiense em 2009.[3] levando o clube a Série A do Campeonato Brasileiro após 24 anos. No entanto não permaneceu para a temporada seguinte, sendo substituído por Geninho. em novembro de 2010, acertou com o Goiás,[4] com a missão de tirar-lo do descenso para a Série B.
Seu maior feito na carreira foi classificar o Goiás, pela primeira vez, à decisão da Copa Sul-Americana, em novembro de 2010. Foi a única vez que o clube goiano se classificou a uma final continental.[5] sendo demitido no dia 25 de junho
,[6] após sequência de maus resultados na Série B.
Em agosto de 2011, Arthur Neto acertou com o Vila Nova.[7] sendo demitido no mês seguinte, após sequencia de maus resultados
Em janeiro de 2012, Arthur Neto acertou com o Rio Verde[8]
.[9] Em setembro do mesmo ano, retorna pela terceira vez ao comando do Atlético Goianiense, mas é demitido antes do fim do Campeonato com o time já rebaixado e dias depois acerta o retorno ao Joinville.
Em 17 de setembro de 2015 é anunciado como novo técnico do Goiás com a missão de lutar contra o rebaixamento no Campeonato Brasileiro.[10] Em 18 de outubro de 2015 pediu demissão após quatro derrotas seguidas nos quatro jogos que comandou a equipe.[11]
