Nasqué a Hoorn, i estudià a les universitats de Lovaina i Bolonya.[2] Treballà de metge per l'aristocràcia a Bolonya, París i Londres. Tornà al comtat d'Holanda el 1550, i s'establí a Haarlem[2] El seu llibre Emblemata es va publicar el 1565 per Christophe Plantin a Anvers.[3] A Junius li agradaven especialment les coses rares de la naturalesa. El 1564 escriví un llibre curt sobre Phallus in Hollandia, on descrivia un bolet amb forma de penis que ell va anomenar Phallus hadriani.
El 1566, Guillem d'Orange va nomenar-lo historiador del comtat d'Holanda. Posteriorment el 1588 es publicà la seva obra de història política Batavia, obra fundador del mite batau, mite nacionalista fundador del país naixent de les Províncies Unides, nucli dels futurs Països Baixos.[4]
Publicacions
Adagia (1558), manual lingüístic
Nomenclator, omnium rerum propria nomina variis linguis explicata indicans, diccionari políglota