Selama masa kepausannya, gereja mengalami periode yang cukup tenang dan aman dari penganiayaan penguasa Roma. Ia membagi administrasi gereja di Roma dengan membagi kelompok umat ke dalam tujuh wilayah gereja yang dikepalai oleh diakon. Ia mengangkat tujuh orang subdiakon untuk mengatur tata laksana katakomba, memberi derma, mengumpulkan laporan perihal martir, dan memindahkan makam Paus Pontianus ke Roma dari Sardinia.
Pada Januari 250, Kaisar Gaius Decius kembali menganiaya orang Kristen. Saat itu Paus fabianus ditangkap dan dianiaya. Ia meninggal dunia sebagai martir dan dimakamkan di pekuburan Kallixtus.
