Bonifasius VI terpilih sebagai hasil dari huru hara yang mengikuti kematian Paus Formosus. Setelah bertahta selama lima belas hari, ia dinyatakan meninggal karena reumatik, tetapi pendapat lain menyatakan bahwa kemungkinan ia dibunuh untuk melapangkan jalan bagi Stefanus VI yang didukung oleh keluarga Spoleto.
Pada sebuah Konsili di Roma, yang diadakan oleh Paus Yohanes IX pada 898, pemilihan Bonifasius sebagai Paus dinyatakan batal dan tidak berlaku lagi.
