A 2006-os Intertotó-kupa volt az első alkalom, hogy a korábbi 11 csoportos, illetve 5 körös lebonyolítás helyett csak 3 fordulót rendeztek. A sorozat végén összesen tizenegy csapat indulhatott az UEFA-kupa 2006–07-es selejtezőiben. Közülük a legtovább eljutó csapat; a Newcastle United lett az Intertotó-kupa győztese.

1. csapat	Össz.	2. csapat	1. mérk.	2. mérk.
Déli-Mediterrán régió
Pobeda	2–4	Farul Constanța	2–2	0–2
Sant Julià	0–8	Maribor	0–3	0–5
Ethnikósz Áhnasz	5–4	Partizani Tirana	4–2	1–2
Zrinjski	4–1	Marsaxlokk	3–0	1–1
Középkeleti régió
Kilikia Jerevan	1–8	Dinamo Tbiliszi	1–5	0–3
Sahtyor Karagandi	4–6	MTZ-RIPO Minszk	1–5	3–1
Nitra	12–2	Grevenmacher	6–2	6–0
MKT Araz Imisli	1–2	Tiraspol	1–0	0–2
Északi régió
Keflavík ÍF	4–1	Dungannon Swifts	4–1	0–0
Dinaburg	2–1	Havnar Bóltfelag	1–1	1–0
Tampere United	8–1	Carmarthen Town	5–0	3–1
Narva Trans	1–8	Kalmar	1–6	0–2
Vėtra	0–5	Shelbourne	0–1	0–4

1. csapat	Össz.	2. csapat	1. mérk.	2. mérk.
Déli-Mediterrán régió
FC Sopron	3–4	Kayserispor	3–3	0–1
Farul Constanța	3–2	Lokomotiv Plovdiv	2–1	1–1
Zeta1	1–4	Maribor	1–22	0–2
Makkabi Petah Tikvá	4–2	Zrinjski	1–13	3–1
Osijek	2–2 (i.r.g.)	Ethnikósz Áhnasz	2–2	0–0
Középkeleti régió
Grasshopper Club Zürich	4–0	Teplice	2–0	2–0
FC Nitra	2–3	Dnyipro Dnyipropetrovszk	2–1	0–2
SV Ried	4–1	Dinamo Tbiliszi	3–1	1–0
FC Tiraspol	4–1	Lech Poznań	1–0	3–1
FK Moszkva	3–0	MTZ-RIPO Minszk	2–0	1–0
Északi régió
Tampere United	3–5	Kalmar	1–2	2–3
Odense	3–1	Shelbourne	3–0	0–1
Lillestrøm	6–3	Keflavík ÍF	4–1	2–2
Hibernian	8–0	Dinaburg	5–0	3–0

¹A Zeta a Szerbia és Montenegró-i labdarúgó-szövetség tagjaként jutott be a sorozatba a 2005/06-os szezon után, de már a Montenegrói labdarúgó-szövetség tagjaként vett részt.^[1]
2Az FK Partizan stadionjában, Belgrádban rendezték a mérkőzést, mert a Zeta otthona nem felelt meg az UEFA előírásainak
³Herzlijában rendezték a mérkőzést, mert a Makkabi Petah Tikvá stadionja felújítás alatt volt.

A tizenegy győztes indulhatott a 2006–07-es UEFA-kupa selejtezőinek a második fordulójában.

1. csapat	Össz.	2. csapat	1. mérk.	2. mérk.
Déli-Mediterrán régió
Auxerre1	4–2	Farul Constanța	4–1	0–1
AÉ Láriszasz	0–2	Kayserispor	0–0	0–2
Villarreal	2–3	Maribor	1–2	1–1
Makkabi Petah Tikvá	3–4	Ethnikósz Áhnasz	0–2	3–2
Középkeleti régió
Grasshoppers	3–2	KAA Gent	2–1	1–1
Olympique Marseille	(i.r.g.) 2–2	Dnyipro Dnyipropetrovszk	0–0	2–2
Hertha Berlin	2–0	FK Moszkva	0–0^	2–0
SV Ried	4–2	Tiraspol	3–1	1–1
Északi régió
Newcastle United	4–1	Lillestrøm	1–1	3–0
Kalmar	2–3	Twente	1–0	1–3
Odense	(i.r.g.) 2–2	Hibernian	1–0	1–2

^A mérkőzést 2006. július 16-án rendezték.

¹Az UEFA-val történt egyeztetések után 2006. június 6-án, a Palermo csapatát az Olasz labdarúgó-szövetség (FIGC) visszaléptette a sorozattól. A 2006-os olasz labdarúgóbotrány miatt még nem volt hivatalos a 2005–06 szezon végeredménye a Serie A-ban. A Palermo helyett a francia Auxerre indult a sorozatban.

• h.u. – hosszabbítás után
• b.u. – büntetők után
• i.r.g. – idegenben rúgott góllal

Indulhattak az UEFA-kupa 2006–07-es selejtezőiben.

• Newcastle United (győztes) (Nyolcaddöntő, az AZ ellen esett ki)
• Auxerre (Csoportkör, 4. lett az A csoportban)
• Grasshoppers (Csoportkör, 5. lett a C csoportban)
• Odense (Csoportkör, 4. lett a D csoportban)
• Olympique Marseille (Első forduló, a Mladá Boleslav ellen esett ki)
• Hertha Berlin (Első forduló, az Odense ellen esett ki)
• Kayserispor (Első forduló, az AZ ellen esett ki)
• Ethnikósz Áhnasz (Első forduló, a Lens ellen esett ki)
• Twente (Második selejtezőkör, a Levadia Tallinn ellen esett ki)
• SV Ried (Második selejtezőkör, a Sion ellen esett ki)
• Maribor (Második selejtezőkör, a Partizan ellen esett ki)

• 2006–2007-es UEFA-bajnokok ligája
• 2006–2007-es UEFA-kupa

• UEFA Intertoto Cup 2006. rsssf.com. (Hozzáférés: 2016. április 19.)