Berdasarkan data Kementerian Dalam Negeri tahun 2022, penduduk kecamatan Matuari sangat beragam dalam agama yang dianut. Adapun persentasi penduduk Kecamatan Matuari berdasarkan agama yang dianut ialah, yang memeluk agama Kristen sebanyak 88,04% dimana Protestan 73,64% dan Katolik 4,83%, kemudian sebagian lainnya beragama Islam yakni 21,21% lalu Hindu 0,32%. Sementara untuk rumah ibadah terdapat 9 masjid dan 104 Gereja.