Mikrosatelit

Mikrosatelit dalam genetika merupakan suatu urutan basa N pada DNA, terdiri dari dua sampai tujuh basa N (disebut sebagai motif) yang berulang-ulang, dengan atau tanpa sela. Misalnya, motif GAG yang memiliki pengulangan 10 kali atau (GAG)₁₀ akan memiliki bentuk sebagai berikut: GAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG.^[1] Panjang pengulangan ini bervariasi tergantung individu/varietas dan diwariskan kepada generasi berikutnya. Mikrosatelit dikenal pula sebagai SSR atau Simple Sequence Repeats. Dalam bidang genetika manusia, khususnya dalam aplikasi di bidang kedokteran forensik, mikrosatelit dikenal sebagai STR atau Short Tandem Repeats.

Mutasi dapat terjadi terhadap banyaknya pengulangan ini sehingga muncul variasi panjang pengulangan di dalam individu-individu dalam suatu spesies. Variasi ini membuat mikrosatelit dapat digunakan sebagai penanda genetik.

Fungsi vital mikrosatelit masih diperdebatkan orang. Gejala pengulangan ini dapat dijumpai pada semua kelompok organisme hidup, termasuk bakteri. DNA plastida dan mitokondria pun memilikinya, sehingga mikrosatelit dianggap sebagai relik evolusi dari masa lalu. Secara logis, mikrosatelit dapat dianggap sebagai "alat keamanan" apabila terjadi kesalahan dalam proses transkripsi. Banyak mikrosatelit terletak pada bagian gen yang disebut intron, yang pada tahap pascatranskripsi akan dibuang, atau pada bagian nontranskripsi (junk DNA). Dengan demikian, transkripsi akan mengurangi jumlah protein yang tidak berfungsi akibat kesalahan pembacaan.

Karena terdapat variasi dalam cacah pengulangan motif (polimorfisme), dan cacah ini tetap untuk setiap individu atau populasi/kultivar tertentu, mikrosatelit dapat dipakai sebagai penanda genetik. Mikrosatelit sangat berlimpah dalam suatu genom, meskipun hanya sedikit dijumpai pada genom prokariota. Suatu gen dapat memiliki lebih dari dua mikrosatelit.

Sebagai penanda, mikrosatelit bersifat kodominan dan dapat diketahui lokasinya pada DNA. Dengan demikian, SSR sesuai untuk mendeteksi heterozigositas. Pemanfaatannya tidak memerlukan waktu lama (dua hari). Karena berbagai keuntungan ini, mikrosatelit disukai sebagai penanda.

Mikrosatelit merupakan penanda berbasis PCR, sehingga memerlukan primer. Pembuatan primernya memerlukan informasi urutan basa sebelum dan sesudah mikrosatelit. Bangunan primer ini menjadikan penanda mikrosatelit dapat dilacak posisinya dalam suatu genom namun menjadikannya bersifat spesifik spesies (sukar dipertukarkan antarspesies) karena urutan basa yang mengapit mikrosatelit berbeda-beda untuk setiap spesies.

• Minisatelit
• VNTR
• junk DNA

• STRBase - Database mikrosatelit yang disediakan oleh NIST