Aksesinya menyebabkan (Perang Restorasi Portugal) dengan Spanyol yang berlarut-larut, yang hanya berakhir dengan pengakuan kemerdekaan Portugal di dalam pemerintahan berikut (1668). Portugal menandatangani aliansi dengan Prancis (1 Juni 1641) dan Swedia (Agustus 1641) namun dengan keperluan untuk kelangsungan di medan Pertempuran Tiga Puluh Tahun melawan Spanyol dan melawan Belanda gangguan-gangguan pada jajahan Portugis.
Di Spanyol, serangan pasukan Portugis mengalahkan Spanyol pada Montijo, didekat Badajoz, pada tahun 1644. Di luar negeri, Belanda mengambil Malaka (Jan 1641) dan Sultan Oman merebut Muscat (1650). Meskipun demikian Portugis, walaupun harus membagi pasukan mereka di antara Eropa, Brasil dan Afrika, berhasil merebut kembali Luanda, di Angola, dari Belanda pada tahun 1648 dan pada tahun 1654, memulihkan hampir seluruh Brasil, efektif berhenti menjadi koloni Belanda yang layak. Hal ini berlawanan dengan hilangnya Ceylon (Portugis Ceilão), yang sekarang adalah Sri Lanka, kepada Belanda yang mengambil Kolombo pada tahun 1656.
João merupakan pelindung musik dan kesenian, dan seorang penulis musik yang cukup canggih; selain itu, ia merupakan seorang komposer. Selama pemerintahannya ia mengumpulkan salah satu perpustakaan terbesar di dunia, namun hancur di dalam Gempa Bumi Lisboa tahun 1755. Di antaratulisan-tulisannya adalah pertahanan Palestrina, dan Pertahanan musik Modern (Lisboa, 1649). Komposisinya yang paling terkenal adalah pengaturan dari Crux fidelis, sebuah karya yang tetap sangat populer selama Lent di antara paduan suara Gereja.
João menikahi Luísa dari Gusmão, putri Juan Manuel Pérez dari Gusmão, Adipati Medina-Sidonia Kedelapan. Pernikahan tersebut menghasilkan beberapa anak. Karena beberapa keturunan João lahir dan meninggal sebelum ayahnya menjadi Raja mereka tidak dianggap sebagai infante (pangeran) atau infantas (puteri) Portugal.
Nama
Lahir
Wafat
Catatan
Dengan Luísa dari Gusmão ( 13 Oktober 1613 – 27 Februari 1666; menikah pada tanggal 12 Januari 1633)
Pangeran Brasil dan Adipati Kesepuluh Bragança. Menggantikannya sebagai Afonso VI, Raja Portugal yang ke-21 atau (yang ke-22 menurut beberapa sejarawan).
Adipati Beja, Jagabaya Kerajaan, Maharaja Wangsa Infantado dan Wali Kerajaan sebelum menjadi pewaris saudaranya Afonso sebagai Pedro II, Raja Portugal yang ke-22 atau (yang ke-23 menurut beberapa sejarawan).