Stonehaven berkembang dari desa perikanan pada zaman besi yang kini disebut "Auld Toon" ("kota"), dan perluasan kota berlangsung dari daratan ke tepi laut. Pada akhir abad ke-16, peta tua menjuluki kota ini Stonehyve atau Stonehive. Penduduk lokal secara tidak resmi menyebutnya Stoney.