Ngembalrejo adalah desa di kecamatan Bae, Kudus, Jawa Tengah, Indonesia.
Ngembalrejo adalah desa yang merupakan bagian dari Kecamatan Bae Kabupaten Kudus, terletak berbatasan dengan desa Hadipolo (Jekulo) di sebelah timur, berbatasan dengan desa Dersalam di sebelah barat, berbatasan dengan desa Ngembalkulon (Jati) di sebelah selatan, dan berbatasan desa Karangbener (Bae) di sebelah utara. Desa ini adalah merupakan kawasan pendidikan di Kabupaten Kudus, di desa inilah terletak Institut Agama Islam Negeri Kudus (IAIN kudus) tepatnya di Dusun Ngetuk Ngembalrejo.
