Sebelum tahun 1919, Kayeli adalah ibu kotaPulau Buru. Kejayaan Kayeli sebagai pusat pemerintahan Belanda di sana ditandai dengan berdirinya sebuah benteng yang dibangun pada tahun 1785. Pada tahun 1919, akibat banjir bandang, Belanda memindahkan pusat pemerintahan ke Namlea.
Pada masa penjajahan Belanda, Kayeli dipimpin oleh raja-raja bermarga Wael.