Pada awalnya, jemaat yang beribadah di Gereja Zebaoth hanyalah orang Eropa, sedangkan bagi orang non-Eropa beribadah di gedung gereja Bethel di Jalan Sudirman Bogor. Batu pertama pembangunan gedung gereja ini diletakkan pada 30 Januari1920 oleh Gubernur Jenderal ke-61, J.P. Graaf van Limburg Stirum dengan nama "Königin Wilhelmina Kerk".[1][3] Di batu itu terukir petikan ayat Alkitab dari Mazmur 43:3 dalam bahasa Belanda:
Zend Uw Licht en Uw Waarheid Dat Die Mij Leiden Dat Zij Mij Brengen Tot Den Berg Uwer Heiligheid En Tot Uw Woningen
yang artinya: "Suruhlah terang-Mu dan kesetiaan-Mu datang, supaya aku dituntun dan dibawa ke gunung-Mu yang kudus dan ke tempat kediaman-Mu!"
Pada tanggal 31 Oktober 1948, gedung gereja dialihkan dari Belanda kepada Sinode GPIB dengan nama jemaat GPIB "Bogor". Dan pada tahun 1985 namanya berubah jemaat GPIB "Zebaoth".
Hingga tahun 1962, kebaktian di gereja yang terletak di Jl. Ir H Djuanda no. 3 Bogor ini masih mempergunakan bahasa Belanda sebagai bahasa pengantar ibadah, dan gereja ini pun disebut Nederlansche spreken gemeente (Jemaat berbahasa Belanda). Sedangkan ibadah yang menggunakan bahasa pengantar bahasa Indonesia dilakukan di gedung gereja Bethel di Jl. Jend. Soedirman 44 Bogor.
Jemaat GPIB "Zebaoth" Bogor telah melaksanakan pelembagaan 11 jemaat baru:
Pdt. Charles J. V. Timbuleng, S.Th., M.M. (2011-2014)
Pdt. Sian Lumentut, S.Si. (2014-2016)
Pdt. Omiek Kaharudin, S.Th. (2016-2021)
Pdt. Ny. Margie I. Ririhena-de Wanna, D.Th (2021-sekarang)
Daftar pendeta yang sedang atau pernah bertugas sebagai Pendeta Jemaat (PJ)
Pdt. Ny. Deetje Siregar-Simaela, Sm.Th., M.A. (1987-1988) sebagai Pendeta Jemaat untuk pelembagaan Bajem Sawangan
Pdt. Andar Maitimoe, S.Th. (1997-1998)
Pdt. Ny. Widyati T. Simangunsong-Sudarisman, S.Th., M.Min. (1998-2002)
Pdt. Dominggus O. Tatipata, Sm.Th. (2004-2007)
Pdt. Rocky S. Karinda, S.P., S.Si. (Teol.) (2007-2008) sebagai Pendeta Jemaat pasca peneguhan menjadi Pendeta GPIB sebelum penugasan ketempat lain oleh GPIB
Pdt. Ny. Ruth J. Maradia-Panese, S.Th., M.Min. (?-?)
Pdt. Asachristo Mahodim S.Th. (?-?)
Pdt. Ny. Kenny L. Lisapaly, S.Th. (2011-2016)
Pdt. Andar Maitimoe, S.Th. (2013-2015) sebagai Pendeta Jemaat untuk pelembagaan Bajem Sentul
Pdt. Ekklesia R. Tumonggi, S.Th. (2013-2015) sebagai Pendeta Jemaat untuk pelembagaan Bajem Bojonggede
Pdt. Nn. Yunita E. Butar-Butar, S.Si. (Teol.) (2013) sebagai Pendeta Jemaat pasca peneguhan menjadi Pendeta GPIB sebelum penugasan ketempat lain oleh GPIB
Pdt. Rully A. Haryanto, S.Si. (Teol.) (2015-2019)
Pdt. Nn. Claudia S. Hulu, S.Si. (Teol.) (2016) sebagai Pendeta Jemaat pasca peneguhan menjadi Pendeta GPIB sebelum penugasan ketempat lain oleh GPIB
Pdt. Nn. Johanna Nirahua. S.Th. (2016-2019)
Pdt. Ny. Fransisca H. E. Toding Datu-Manuputty, S.Th. (2019-2023)