Epsilonproteobacteria

Epsilonproteobacteria adalah kelas Proteobacteria.[1] Semua spesies dalam kelas ini adalah, seperti semua Proteobacteria, Gram-negatif.

Epsilonproteobacteria terdiri dari beberapa genera yang diketahui, terutama Wolinella spp. melengkung hingga spirilloid, Helicobacter spp., dan Campylobacter spp. Sebagian besar spesies yang dikenal menghuni saluran pencernaan hewan dan berfungsi sebagai simbion (Wolinella spp. di sapi) atau patogen (Helicobacter spp. di lambung, Campylobacter spp. di duodenum).

Banyak sekuens lingkungan dan isolat Epsilonproteobacteria juga telah didapatkan dari ventilasi hidrotermal dan habitat rembesan dingin. Contoh isolat termasuk Sulfurimonas autotrophica,[2] Sulfurimonas paralvinellae,[3]Sulfurovum lithotrophicum[4] dan Nautilia profundicola.[5] Sebuah anggota kelas Epsilonproteobacteria hidup sebagai endosimbion pada insang besar dari siput laut dalam Alviniconcha hessleri''.[6]

Epsilonproteobacteria yang ditemukan di ventilasi hidrotermal laut-dalam secara khas menunjukkan kemolitotrofi, memenuhi kebutuhan energi mereka dengan mengoksidasi sulfur tereduksi, format, atau hidrogen ditambah dengan reduksi nitrat atau oksigen.[7] Epsilonproteobacteria autotrof menggunakan siklus Krebs terbalik untuk memfiksasi karbon dioksida ke biomassa, jalur yang awalnya dianggap kurang penting di lingkungan. Sensitivitas oksigen dari jalur ini konsisten dengan relung mikroaerofilik atau anaerobik dalam lingkungan ini, dan kemungkinan evolusi mereka di lautan Mesoproterozoikum,[8] yang dianggap mengandung sulfida dengan rendahnya tingkat oksigen yang tersedia dari fotosintesis sianobakteri.[9]

Filogeni

Taksonomi yang diterima saat ini berdasarkan List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) [10] dan National Center for Biotechnology Information (NCBI)[11] dan filogeni berdasarkan LTP rilis 106 berbasis 16S rRNA oleh 'The All-Species Living Tree' Project [12]

 
  Nautiliaceae
 

Thioreductor micantisoli Nakagawa et al.2005

 
 
 

Caminibacter Alain et al.2002

 
 
 

Lebetimonas acidiphila Takai et al.2005

 
 

Nautilia Miroshnichenko et al.2002

 
 
 
 
 
 

Nitratiruptor tergarcus Nakagawa et al.2

 
  Campylobacterales
 

Hydrogenimonas thermophila Takai et al.2004

 
 
 

?Sulfuricurvum kujiense Kodama and Watanabe 2004

 
 

?Thiovulum majus ♪ Hinze 1913

 
 
 
 

Nitratifractor salsuginis Nakagawa et al.2005

 
 

Sulfurovum lithotrophicum Inagaki et al.2004

 
 
 

Sulfurimonas Inagaki et al.2003 emend. Takai et al.2006

 
 
 
  Helicobacteraceae
 

Wolinella Tanner et al.1981

 
 

Helicobacter Goodwin et al.1989 emend. Vandamme et al.1991

 
 
  Campylobacteraceae
 

?Candidatus Thioturbo danicus Muyzer et al. 2005

 
 

Arcobacter Vandamme et al.1991 emend. Vandamme et al.1992

 
 
 

Sulfurospirillum Schumacher et al.1993 emend. Luijten et al.2003

 
 

Campylobacter Sebald and Véron 1963 emend. Vandamme et al.2010

 
 
 
 
 
 
 
 

Catatan:

  • Prokariota tanpa kultur murni (aksenik) yang diisolasi atau tersedia, yaitu tidak dibiakkan atau tidak dapat ditopang dalam kultur untuk lebih dari beberapa serial passage

Referensi

  1. ^ "www.ncbi.nlm.nih.gov". Diakses tanggal 2009-03-19. 
  2. ^ Inagaki, F. (2003-11-01). "Sulfurimonas autotrophica gen. nov., sp. nov., a novel sulfur-oxidizing -proteobacterium isolated from hydrothermal sediments in the Mid-Okinawa Trough". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 53 (6): 1801–1805. doi:10.1099/ijs.0.02682-0. ISSN 1466-5026. Diakses tanggal 2013-05-29. [pranala nonaktif permanen]
  3. ^ Takai, K. (2006-08-01). "Sulfurimonas paralvinellae sp. nov., a novel mesophilic, hydrogen- and sulfur-oxidizing chemolithoautotroph within the Epsilonproteobacteria isolated from a deep-sea hydrothermal vent polychaete nest, reclassification of Thiomicrospira denitrificans as Sulfurimonas denitrificans comb. nov. and emended description of the genus Sulfurimonas". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 56 (8): 1725–1733. doi:10.1099/ijs.0.64255-0. ISSN 1466-5026. Diakses tanggal 2012-11-09. [pranala nonaktif permanen]
  4. ^ Inagaki, Fumio; Ken Takai; Kenneth H. Nealson; Koki Horikoshi (2004-09-01). "Sulfurovum lithotrophicum gen. nov., sp. nov., a novel sulfur-oxidizing chemolithoautotroph within the ε-Proteobacteria isolated from Okinawa Trough hydrothermal sediments". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 54 (5): 1477–1482. doi:10.1099/ijs.0.03042-0. ISSN 1466-5026. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2013-07-08. Diakses tanggal 2013-06-27. 
  5. ^ Julie L. Smith, Barbara J. Campbell, Thomas E. Hanson, Chuanlun L. Zhang & S. Craig Cary (2008). "Nautilia profundicola sp. nov., a thermophilic, sulfur-reducing epsilonproteobacterium from deep-sea hydrothermal vents". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 58 (7): 1598–1602. doi:10.1099/ijs.0.65435-0. PMID 18599701. 
  6. ^ Suzuki, Yohey; Sasaki, Takenori; Suzuki, Masae; Nogi, Yuichi; Miwa, Tetsuya; Takai, Ken; Nealson, Kenneth H.; Horikoshi, Koki (2005). "Novel Chemoautotrophic Endosymbiosis between a Member of the Epsilonproteobacteria and the Hydrothermal-Vent Gastropod Alviniconcha aff. hessleri (Gastropoda: Provannidae) from the Indian Ocean". Applied and Environmental Microbiology. 71 (9): 5440–5450. doi:10.1128/AEM.71.9.5440-5450.2005. 
  7. ^ Takai, Ken; et al. (2005). "Enzymatic and genetic characterization of carbon and energy metabolisms by deep-sea hydrothermal chemolithoautotrophic isolates of Epsilonproteobacteria" (PDF). Applied and Environmental Microbiology. 71 (11): 7310–7320. doi:10.1128/aem.71.11.7310-7320.2005. [pranala nonaktif permanen]
  8. ^ Campbell, Barbara J.; Annette Summers Engel; Megan L. Porter; Ken Takai (2006-05-02). "The versatile ε-proteobacteria: key players in sulphidic habitats". Nature Reviews Microbiology. 4 (6): 458–468. doi:10.1038/nrmicro1414. ISSN 1740-1526. Diakses tanggal 2012-11-09. 
  9. ^ Anbar, A. D.; A. H. Knoll (2002-08-16). "Proterozoic Ocean Chemistry and Evolution: A Bioinorganic Bridge?". Science. 297 (5584): 1137–1142. doi:10.1126/science.1069651. Diakses tanggal 2010-10-12. 
  10. ^ J.P. Euzéby. "Epsilonproteobacteria". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Diarsipkan dari versi asli tanggal 2013-01-27. Diakses tanggal 2011-11-17. 
  11. ^ Sayers; et al. "Epsilonproteobacteria". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Diakses tanggal 2011-06-05. 
  12. ^ 'The All-Species Living Tree' Project."16S rRNA-based LTP release 106 (full tree)" (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Diarsipkan dari versi asli (PDF) tanggal 2012-05-07. Diakses tanggal 2011-11-17. 

Pranala luar

Templat:Gram-negative bacterial diseases

Kembali kehalaman sebelumnya