Kementerian mempunyai tugas menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang transportasi untuk membantu Presiden dalam menyelenggarakan pemerintahan negara. Kementerian menyelenggarakan fungsi:[1]
perumusan, penetapan, dan pelaksanaan kebijakan di bidang penyelenggaraan pelayanan, keselamatan, dan keamanan transportasi, serta peningkatan aksesibilitas, konektivitas, dan kapasitas sarana dan prasarana transportasi;
pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi atas pelaksanaan urusan Kementerian di daerah;
koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian;
pengelolaan barang milik/ kekayaan negara yang menjadi tanggung jawab Kementerian;
pengawasan atas pelaksanaan tugas di lingkungan Kementerian;
pelaksanaan analisis dan rekomendasi kebijakan transportasi;
pelaksanaan pengembangan sumber daya manusia transportasi;
pelaksanaan dukungan yang bersifat substantif kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian; dan
pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Presiden.
Pusat Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan Darat;
Pusat Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan Laut;
Pusat Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan Udara; dan
Pusat Pengembangan Sumber Daya Manusia Aparatur Perhubungan
Terdapat sejumlah staf ahli yang bertugas memberikan telaahan kepada Menteri Perhubungan mengenai masalah tertentu sesuai bidang keahliannya. Dalam melaksanakan tugasnya, secara administratif dikoordinasikan oleh Sekretaris Jenderal.
Staf Ahli Bidang Teknologi dan Energi
Staf Ahli Bidang Reformasi Birokrasi
Staf Ahli Bidang Logistik
Staf Ahli Bidang Kawasan dan Lingkungan
Staf Ahli Bidang Keselamatan Transportasi
Terdapat pula beberapa pusat yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Perhubungan melalui Sekretaris Jenderal.
Pusat Data dan Teknologi Informasi
Pusat Pengelolaan Transportasi Berkelanjutan
Pusat Fasilitasi Kemitraan dan Kelembagaan International