DNA probe

DNA probe adalah suatu fragmen DNA atau RNA atau protein pelacak target gen. DNA probe yang telah dilabel akan berkomplementasi dengan target melalui hibridisasi sehingga dapat mendeteksi keberadaan gen tertentu. Terdapat dua macam probe, yaitu homologus dan heterologus. Homologus adalah probe yang diperoleh dari DNA dengan sumber yang sama dengan DNA yang akan dilacak sehingga ikatan komplemen probe dengan DNA target cenderung lebih kuat dan presisi. Sedangkan heterologus adalah probe diperoleh dari sumber organisme yang berbeda atau dibuat secara sintetik sehingga ikatannya kurang presisi dengan gen target..[1]

Pelabelan

Pelabelan DNA probe dapat dilakukan melalui empat cara, yaitu:

  • label PCR
  • translasi nik
  • sintesis oligoprimer secara acak
  • pelabelan ujung

Senyawa untuk melabel probe dapat berupa senyawa radioisotop atau non-radioisotop. Pelabelan menggunakan radioisotop yang banyak digunakan yaitu fosfat radioaktif atau 32P. Proses pelabelan dengan menggunakan 32P dari ATP terlabel radioaktif dilakukan dengan menghilangkan 5’ fosfat dari oligonukleotida menggunakan enzim alkalin fosfatase dan menggantikannya dengan fosfat terlabel radioaktif menggunakan polinukleotida nuklease.[2] Sedangkan contoh senyawa non-radioisotop untuk melabel adalah biotin yang memiliki afinitas sangat tinggi terhadap avidin dan strepavidin.[3] Biotin adalah salah satu anggota kelompok vitamin B kompleks yang merupakan mikronutrien esensial yang larut dalam air.[4] Probe yang terlabel biotin menghasilkan resolusi hibridisasi yang tinggi, menurunkan interferensi latar belakang dan stabil pada suhu -20 °C untuk penyimpanan selama setahun.

Referensi

  1. ^ (Inggris) Furuya H, et al. 2005. An improved method for Southern DNA and Northern RNA blotting using a Mupid®-2 Mini-Gel electrophoresis unit. J Biochem Biophysi Meth 68: 139-143.
  2. ^ (Inggris) Carcillo JA, Parise A, Romkes-Sparks M. 1994. Comparisson of the enzyme-linked oligonucleotide sorbent assay to 32P-labeled PCR/Southern blotting technique in quantitative analysis of human and rat mRNA. PCR Methods Appl. 3: 292-297.
  3. ^ (Inggris) Kittigul L, Suthachana S, Kittigul C, Pengruangrojanachai V. 1998. Immunoglobulin M-capture biotin-strepavidin enzyme-linked immunosorbent assay for detection of antibodies to dengue viruses. Am J Trop Med Hyg 59(3): 352-356.
  4. ^ (Inggris) Said HM. 2002. Biotin: the forgotten vitamin. Am J Clin Nutr 75: 179–180.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.