Bhimsen Thapa dilahirkan di distrik kecil Gorkha. Ayahnya, Mayor Amar Singh Thapa (tidak harus bingung dengan komandan pasukan Gorkhali dalam Perang Gurkha), adalah seorang prajurit setia di Raja Prithvi Narayan Shah. Pada usia 11, Bhimsen Thapa datang ke dalam kontak dengan Istana Kerajaan Nepal, ketika upacara bratabandha diadakan bersama-sama dengan Pangeran Mahkota Rana Bahadur. Thapa dan Pangeran Mahkota segera mengembangkan sebuah persahabatan dengan Thapa akhirnya menjabat sebagai sekretaris pribadi Raja Rana Bahadur pada usia 22 di Varanasi, India. Ketika kembali dari Varanasi, Damodar Pande mencoba membunuh Bhimsen Thapa serta Rana Bahadur tetapi dia gagal. Sebaliknya Damodar Pande dibunuh oleh Bhimsen Thapa.
